Die Akademie begleitet die kirchliche Gedenkstättenarbeit der KZ-Gedenk- und Begegnungsstätte Ladelund sowie der Gedenkstätte Lutherkirche in Lübeck. Unterstützt wird die kirchliche Gedenkstättenarbeit an der KZ-Gedenkstätte Neuengamme.
Außerdem beteiligt sich der Bereich Erinnerungskultur und Gedenkstättenarbeit an den jährlichen Gedenkveranstaltungen für die Euthanasieopfer in Hamburg und an der Vorbereitung eines Gedenkortes in Hamburg-Alsterdorf.
In der Bürgerstiftung schleswig-holsteinische Gedenkstätten ist die Nordkirche durch den Akademie-Studienleiter im Vorstand der Stiftung vertreten. Die Bürgerstiftung verteilt die Landesmittel für Gedenkstättenarbeit und unterstützt die Arbeit der Gedenkstätten und Initiativen in Schleswig-Holstein.
Beim Runden Tisch Gedenkstättenarbeit Mecklenburg-Vorpommern vertritt die Akademie die Nordkirche. Die Gedenkstättenarbeit in Mecklenburg-Vorpommern wird von der Landeszentrale für politische Bildung koordiniert.