Im Bereich Gedenkstättenarbeit sind wir auf dem gesamten Gebiet der Nordkirche aktiv.
In Schleswig-Holstein begleitet die Akademie die kirchliche Gedenkstättenarbeit der KZ-Gedenk- und Begegnungsstätte Ladelund, der Gedenkstätte Lutherkirche in Lübeck und ist in verschiedenen Beiräten und Gremien vertreten.
In Hamburg unterstützt die Akademie die kirchliche Gedenkstättenarbeit an der KZ-Gedenkstätte Neuengamme. Außerdem beteiligt sich der Bereich Erinnerungskultur und Gedenkstättenarbeit an den jährlichen Gedenkveranstaltungen für die Euthanasieopfer und das Gedenken an die Verfolgung von Sinti und Roma.
Beim Runden Tisch Gedenkstättenarbeit Mecklenburg-Vorpommern vertritt die Akademie die Nordkirche. Die Gedenkstättenarbeit in Mecklenburg-Vorpommern wird von der Landeszentrale für politische Bildung koordiniert. Eine Dauerausstellung in der Sülstorfer Pfarrscheune ergänzt die dortige Gedenkstätte.